Chùa có phía Đông cận giáp Biển, phía Tây giáp những động cát trải dài với đẹp bình yên vốn có. Khí hậu nơi này bốn mùa mát mẻ, sơn thủy hữu tình, đậm đà nét Thiền gia. 

Theo các bô lão tại thôn Mỹ Quang Nam, sự hình thành của chùa Thanh Lương là do những thương nhân người Hoa gây dựng lên. Ngay cả cái tên gọi của làng xưa kia cũng đã khiến người ta phải khiếp sợ (đó là Ma Linh – Ma Liên vào thập niên 60 của thế kỷ 20 thì đổi lại thành Mỹ Quang. Năm 2003 được chia làm hai làng: Mỹ Quang Nam – Mỹ Quang Bắc).

Dân làng này chỉ làm một nghề duy nhất, đó là đánh bắt cá, cái nghề, quanh năm chung sống với sóng to gió dữ, vì vậy lời kinh tiếng kệ cầu an không thể thiếu vắng mỗi khi chồng ra khơi. Để cầu chồng bình an, người vợ thường gửi lời cầu nguyện lên Phật Bà Quan Âm. Cứ như thế, ngày qua ngày, năm qua năm hình ảnh Phật Bà đã in sâu vào tiềm thức của bà con nơi đây cùng những câu chuyện linh thiêng...

Vào sáng sớm ngày 24 tháng 12 năm 2004, một nhân duyên lịch sử lớn đã đến với chùa Thanh Lương. Một pho tượng Bồ Tát Quan Âm bằng gỗ quý trong dáng đứng trên một con rồng, với chiều cao 2m20 phân, đã từ ngoài khơi xa trôi vào Hòn Dứa, cạnh chùa không xa, được ngư dân phật tử trong làng phát hiện và báo cho chùa. Sau đó nhà chùa thông báo đến chính quyền và tổ chức phật tử ra làm lễ rước. Tượng Phật được an trí tại chùa Thanh Lương. 

Từ đó đến nay, rất nhiều cá nhân và đoàn thể trong cũng như ngoài nước đã đến tham quan pho tượng này. Những bậc giáo phẩm trong Hội Đồng Trị sự Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam, những nhà nghiên cứu khảo cổ cũng đã từng về chiêm bái và khẳng định sự gặp gỡ nhân duyên có một không hai này.

Chùa được xây dựng với nét kết hợp hài hòa giữa văn hóa yên bình vùng biển thông qua hình ảnh gáo dừa và San hô biển. công trình này như muốn thay lời cầu nguyện gửi đến sóng biển, những lời kinh hòa quyện vào biển đảo những ước muốn hòa bình, những chuyến ra khơi bám biển của ngư dân được bình an trở về. Gáo dừa tượng trưng cho sự thanh khiết. San hô được ví như nơi nương tựa của các loài sinh vật biển.

Cảnh trí của chùa được bố trí theo ý nghĩa, thông điệp bình dị có thể len lỏi vào tâm hồn mỗi người. Cái riêng của cảnh chùa là sự giao thoa giữa tâm và cảnh. Tâm cảnh viên dung thì thế giới mới tròn đầy. Cảnh quan ở đây e ấp kín đáo, không lộng lẫy tân thời mà uy nghi trầm mặc như tính cách bình dị của người Phú Yên. Kiến trúc tâm linh của ngôi chùa thể hiện ngay ở con đường dẫn.

Cho đến hiện nay chùa Thanh Lương là ngôi chùa đầu tiên trên đất nước Việt Nam sử dụng những chất liệu san hô và gáo dừa để xây dựng, nét kiến trúc độc đáo thu hút sự quan tâm của rất nhiều người con Phật.