Chùa Tongdo do vị Tăng sĩ danh tiếng Hàn Quốc là Jajang thành lập vào năm 643. Chùa Tongdo nổi tiếng với nhiều lý do, trong đó có lý do vì đây là ngôi chùa đầu tiên ở Hàn Quốc lưu giữ xá-lợi của Đức Phật Thích Ca Mâu Ni, và lịch sử hình thành gắn liền với vị danh tăng của đất nước này. 

Jajang (590-658) sinh ở Kim Seonjong, thuộc dòng dõi hoàng gia vương quốc Silla. Ông đóng một vai trò quan trọng trong việc truyền bá Phật giáo ở xứ sở này. Vào năm 636, Jajang đến Trung Quốc tu học với nhiều vị đại sư vào triều Đường. Sau bảy năm ở Trung Quốc, ông trở về nước và được triều đình rất mực kính trọng, đặc biệt là hoàng hậu Seondeok (632-647). Trong quá trình tu học tại Trung Quốc, Jajang đã viếng thăm chùa Vân Tế (雲際寺), và ở đó ông đã nhận được xá-lợi của Đức Phật là một mảnh xương sọ, cùng với một bình bát bằng gỗ và một chiếc y được cho là của Đức Phật (?). Khi quay về Hàn Quốc, nhờ vào sự hỗ trợ của hoàng hậu Seondeok, ông đã thành lập chùa Tong do để tôn trí những bảo vật mà ông đã nhận được này. 

Có một vài truyền thuyết về việc hình thành ngôi chùa này, trong đó có câu chuyện kể rằng:Vào thời điểm thành lập ngôi chùa, có chín con rồng sống trong một hồ nước nơi mảnh đất xây chùa nên Jajang bèn trì tụng kinh chú để xua đuổi chúng đi. Nhưng việc làm của ông không thành công khi những con rồng này quyết không chịu rời khỏi đó. Sau đó Jajang bèn viết một chữ hỏa (火) bằng Hán tự trên một tờ giấy rồi ném nó vào không trung, và cũng vung tích trượng của mình vào trong hồ nước. Vậy là hồ nước bắt đầu sôi lên. Không thể chịu đựng nổi sức nóng, ba con rồng cố gắng thoát thân, nhưng vì quá hốt hoảng nên khi thoát khỏi hồ nước, chúng va vào vách núi Yonghyeolam (núi Huyết Rồng) và bỏ mạng tại đó. Năm con rồng khác bay về phía Nam, đến một thung lũng hiện nay được gọi là Oryong-gol (thung lũng Ngũ Long). Con cuối cùng, bị nước nóng làm cho mù mắt nên không thể chạy trốn bèn cầu khẩn Jajang, nói rằng nếu ông cứu mạng nó, nó sẽ ở lại hồ nước để bảo vệ ngôi chùa mãi mãi. Lời cầu khẩn của nó được chấp nhận, và con rồng này trở thành vị hộ pháp của ngôi chùa Tongdo. Và hồ Chín Rồng, hay Guryong-ji, ngày nay nằm ở phía trái của ngôi chính điện. 

Sau khi được thành lập, chùa Tongdo đã nhanh chóng phát triển mạnh mẽ. Cho dù vào thời kỳ Phật giáo được nhà nước bảo hộ hay ở thời kỳ Joseon (1392-1910)¹ mà ở đó Nho giáo chi phối toàn bộ hệ thống chính trị và văn hóa, chùa Tongdo vẫn luôn là trung tâm Phật giáo quan trọng ở Hàn Quốc. Thời kỳ hưng thịnh nhất của chùa là vào giữa thế kỷ XV. Lúc này chùa có đến hàng trăm kiến trúc và có hàng ngàn Tăng chúng tu học tại đây. Tuy nhiên, ngôi chùa cũng từng có lúc bị hủy hoại. Trong cuộc chiến Imjin vào năm 1592, nhiều ngôi chùa ở Hàn Quốc bị phá hủy và chùa Tongdo đã nằm trong số đó. Nhưng may mắn là ngôi chánh điện không bị thiệt hại và tồn tại cho đến ngày nay. Phần còn lại của ngôi chùa được xây vào đầu thế kỷ XVII. Gần đây ngôi chùa đã trải qua nhiều cuộc trùng tu và xây dựng nhiều hạng mục mới. Hiện có khoảng 500 Tăng Ni tu học ở chùa. 

Chùa Tongdo nổi tiếng có truyền thống giữ giới luật. Tăng chúng trong chùa luôn tuân thủ nghiêm ngặt giới luật Phật chế cũng như những quy định của thiền môn. Truyền thống này được duy trì từ xưa cho đến ngày nay. Có một giai thoại liên quan đến người thành lập ngôi chùa: Một ngày nọ, Jajang, vốn là một Tăng sĩ thuộc hoàng gia của vương quốc Silla, đã nhận một tối hậu thư từ nhà vua yêu cầu ông phải trở về triều đình để đảm trách nhiệm vụ ở đó, và rằng nếu ông kháng lệnh và tiếp tục sống trên núi ông sẽ bị chém đầu. Nhưng bất chấp mệnh lệnh của nhà vua, Jajang từ chối trở về triều và trả lời rằng “Ta thà chọn sống một ngày mà không phá giới, còn hơn sống một trăm năm lại làm kẻ phá giới”. 

Ngày nay, chùa Tongdo được xem là một trung tâm Phật giáo quan trọng của Phật tử Hàn Quốc. Nó thường được gọi là “ngôi chùa không có Phật”, vì không có một bức tượng Phật hay Bồ-tát nào ở trong khuôn viên chùa cũng như trong ngôi đại hùng bảo điện. Thay vào đó, trong khuôn viên chùa có nhiều tháp và bia đá. Tongdo không chỉ là một ngôi chùa mà cũng còn là một viện bảo tàng, nơi lưu giữ 19 bảo vật của tỉnh Gyeongsang, cũng như lưu giữ nhiều kinh sách và tranh họa Phật giáo, cả cổ xưa lẫn hiện đại.