Giữa thị trấn Tri Tôn náo nhiệt, ngôi chùa đại diện cho văn hóa tinh thần của đồng bào Khmer này đã tồn tại hơn 300 năm. Tương truyền, từ cái thời Bảy Núi vẫn còn là một vùng rừng rậm, hoang vu, ít người lui tới. Trên những ngọn cây, từng đàn khỉ nối đuôi nhau chuyền cành, thường xuyên vào chùa thân thiện như khỉ nhà. Có lẽ vì vậy mà hình ảnh khỉ truyền cành đã trở nên quá thân thuộc nên chùa mới có tên là Xvayton (trong tiếng Khmer, “xvay” là khỉ, còn “ton” là đeo, níu kéo), về sau nhiều người đọc chạy là Xà Tón cho đến nay.

Thầy Chau Pholly, sãi cả chùa Xà Tón cho biết, nghe các sư sãi lớn tuổi kể lại chùa Xà Tón ban đầu được che dựng đơn sơ bằng lá và gỗ núi. Sau này, chùa được khởi công xây dựng kiên cố bằng gạch ngói, cột bằng gỗ và được tu bổ nhiều lần cho đến diện mạo ngày hôm nay. Giống như các chùa Khmer khác ở đồng bằng sông Cửu Long, chùa Xà Tón có quy cách bố cục và kiến trúc thống nhất, như: Chính điện, cổng chùa, tường rào, các dãy nhà tăng, nhà thiêu… 

Chính điện chùa Xà Tón được xây theo hướng đông tây, mái chính có cấu trúc tam cấp, lợp ngói màu đỏ, xanh, vàng đặc sắc. Ở bốn góc nóc mái chính điện được trang trí hình tượng thần rắn Naga uốn cong. Chính điện còn là nơi tiêu biểu của nghệ thuật kiến trúc, chạm khắc, trang trí của đồng bào Khmer với những bức bích họa được vẽ kín các mặt tường. Nội dung chủ yếu của những bức tranh tường này là kể lại cuộc đời của Đức Phật Thích Ca. Trên gian thờ giữa chính điện là tượng Phật Thích Ca được đúc, chạm, khắc rất đẹp ở nhiều tư thế đứng, nằm, ngồi…

Xung quanh ngôi chính điện là các tháp nhỏ, đẹp đẽ dùng để lưu giữ hài cốt của các sư sãi ở chùa sau khi đã hỏa táng. Trên các đỉnh tháp nhỏ này được chạm hình thần Bayon bốn mặt. Phía trước chùa có hồ lớn, ngoài việc làm đẹp, hồ còn là nơi trữ nước sinh hoạt mùa khô. 

Chùa Xà Tón được xem như một biểu tượng văn hóa vật chất, tinh thần của đồng bào với những đặc điểm kiến trúc hết sức độc đáo và đặc sắc trong kho tàng di sản kiến trúc chùa Khmer ở đồng bằng sông Cửu Long. Vì vậy, ngày 12 tháng 12 năm 1986, chùa được Bộ Văn hóa ra quyết định số 235/VH-QĐ công nhận là một di tích kiến trúc nghệ thuật cấp Quốc gia. 

Ngoài giá trị kiến trúc, chùa Xà Tón còn là một nơi lưu giữ trên 100 bộ kinh ghi trên lá. Đây được xem loại thư tịch cổ, là báu vật quý hiếm có giá trị về văn hóa, nghệ thuật mang đậm nét truyền thống trong quy trình làm sách cổ của người Khmer Nam bộ. Mỗi bộ sách được lưu giữ bảo tồn tại các ngôi chùa Khmer hiện nay không chỉ phục vụ cho việc truyền đạt kinh Phật mà thông qua những câu chuyện dân gian, những thành ngữ, tục ngữ, ca dao, dân ca…đã góp phần nâng cao chất lượng đời sống văn hóa, giáo dục luân thường đạo lý cho các phật tử trong cộng đồng phum, sóc.

Năm 2006, chùa Xà Tón vinh dự được Trung tâm Sách Kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục “Ngôi chùa lưu giữ nhiều bộ kinh lá nhất Việt Nam”.