Chùa Tôn Thạnh được xây dựng năm 1808, ban đầu có tên là Lan Nhã, do Thiền sư Viên Ngộ sáng lập. Thiền sư có lòng từ bi, hay quan tâm đến cuộc sống của mọi người nên đã tự mình khiêng đất đá để làm 2 con đường cho dân chúng đi lại.

Năm 1846, lúc đúng 60 tuổi, ngài Viên Ngộ đã nhịn uống nước suốt 49 ngày rồi viên tịch. Hiện nay, trong khuôn viên chùa về phía tây còn có bảo tháp thờ ngài.

Theo các sử liệu, từ năm 1859 đến 1861, nhà nho Nguyễn Đình Chiểu (tục gọi là Đồ Chiểu) có đến lưu trú tại chùa. Bên ngoài cụ mang danh là mở lớp dạy học, bốc thuốc chữa bệnh, nhưng thực chất vẫn âm thầm làm thơ yêu nước, lãnh đạo nghĩa quân trong vùng, khích lệ bà con chiến đấu chống giặc Pháp xâm lược.

Bài văn tế bất hủ Văn tế nghĩa sĩ Cần Giuộc được Nguyễn Đình Chiểu viết tại đây để biểu dương, tưởng nhớ công lao của những nghĩa sĩ đất Cần Giuộc đã hy sinh vì độc lập, tự do của đất nước. Ngoài Văn tế nghĩa sĩ Cần Giuộc, các tác phẩm như: Chạy giặc, Dương Từ Hà Mậu và một phần của truyện thơ Lục Vân Tiên cũng được sáng tác tại chùa Tôn Thạnh.

Hiện nay, bên trái của chùa có Nhà bia ghi lại công lao của của nhà thơ và trích đoạn bài Văn tế nghĩa sĩ Cần Giuộc. Năm 1997, chùa Tôn Thạnh đã được Bộ VH - TT công nhận là Di tích Lịch sử Văn hóa cấp Quốc gia.